O fim-de-semana de Motegi foi fortemente marcado por condições climatéricas muito adversas, na sexta feira e sábado , com muita chuva e nevoeiro que não permitiam a descolagem dos helicópteros em caso de acidente para o transporte dos pilotos a um hospital próximo. Assim todos os treinos livres foram cancelados. Ironicamente, a corrida de domingo teve lugar sob céu limpo no Japão.
Partindo da sua quarta pole do ano, Jorge Lorenzo liderou de início a fim a corrida e conseguiu mais uma vitória. Valentino Rossi que fez o terceiro tempo, partiu bem, ainda acompanhou nas voltas iniciais os chamados Aliens do Motogp, dado o seu andamento extraterrestre, mas cometeu dois erros na Curva 11 e caiu na classificação gorando-se as hipóteses de ajudar o seu colega de equipa na classificação geral, pelo que o actual campeão do mundo teve de se haver com a dupla de pilotos de fábrica da Honda Márquez e Pedrosa.
Lorenzo a meio da prova, ainda acabou por ficar sob forte pressão de Márquez, com Pedrosa logo atrás. No entanto, os espectadores foram privados de momentos mais emocionantes devido aos erros cometidos por Márquez nas Curvas 11 e 1. Depois disso, o jovem de 20, e mais sério candidato ao titulo, passou a usar a calculadora, sabendo que se terminasse em 2º lugar, apenas perderia 5 pontos na classificação geral, pelo que na ultima corrida lhe bastaria ficar em 4º lugar, assim, nunca mais voltou a estar próximo de Lorenzo,
Em terceiro lugar de Pedrosa fez o seu 12º pódio da temporada, embora a equipa dissesse que não havia ordens de equipa, o que desconfiamos … cumpriu a sua função de ajudar o colega de equipa Márquez e a equipa Honda na conquista do titulo de construtores, pelo que não conseguiu deu continuidade às suas vitórias nas duas últimas épocas em Motegi
. Álvaro Bautista e Stefan Bradl completaram a lista dos cinco primeiros, com o piloto da GO&FUN Honda Gresini a aproveitar o cone de ar do germânico da LCR Honda MotoGP no início da oitava volta. Valentino Rossi lutou para recuperar até ao sexto posto depois de ter chegado a rodar em 11º, devido aos erros iniciais, enquanto Cal Crutchlow levou a melhor sobre um impressionante colega de equipa na Monster Yamaha Tech3, Bradley Smith, para terminarem em sétimo e oitavo, respectivamente.
A Ducati Team completou o Top 10 com Nicky Hayden e Andrea Dovizioso, enquanto o 11º posto ficou a cargo do wildcard e piloto da casa Katsuyuki Nakasuga, da Yamaha YSP Racing Team. Em 12º ficou o melhor CRT, Colin Edwards (NGM Mobile Forward Racing), com Aleix Espargaró (Power Electronics Aspar) a ser o último dos três pilotos que desistiram; o espanhol sofreu queda a alta velocidade, ficou sem travões nasuamotae atirou-se dela em andamento, mas saiu ileso. Lukas Pesek (Came IodaRacing Project) foi o primeiro a abandonar, enquanto Luca Scassa (Cardion AB Motoracing) desistiu no pit lane depois de perder o pousa-pé direito.
O resultado de domingo representou a 200ª vitória da Yamaha na Classe Rainha e deixou Lorenzo a 13 pontos de Márquez basta terminar em 4º lugar se Lorenzo ganhar, o Grande Prémio Generali da Comunidade Valenciana no fim de semana de 8 a 10 Novembro
Esta será a primeira vez em sete anos que o titulo da categoria rainha é decidido na última corrida; em 2006 também foi um duelo entre Honda e Yamaha, com a coroa de campeão do mundo sido conquistada por Nicky Hayden batendo o então Campeão do Mundo Valentino Rossi, que caiu nas voltas iniciais, quando lhe bastava terminar em oitavo.
